Mengingat perkembangan jemaat yang makin pesat dan setelah melalui pergumulan doa, pengurus persekutuan berinisiatif untuk menjadikan persekutuan doa ini menjadi gereja yang memiliki organisasi yang mandiri. Setelah mengadakan pendekatan dan pembicaraan dengan pimpinan GBI Ebenhaezer maka pada bulan Agustus tepatnya tanggal 13 Agustus 1994 diresmikan menjadi sebuah gereja cabang dengan nama GBI FILEMON.

GBI Filemon ditahbiskan menjadi gereja tepat setelah 1 tahun Persekutuan Doa Hosana berjalan. Pertahbisan dilakukan oleh Bapak Pdt. Bambang Subowo dengan dihadiri oleh jemaat dan para undangan yang terdiri dari orang-orang yang memberi dorongan semangat kepada pengurus PD Hosana. Pemilihan nama FILEMON memiliki arti khusus bagi pengurus dan anggota jemaat sendiri.

Setelah pentahbisan, pada tanggal 17 Agustus 1994 para pengurus mengadakan rapat yang bertempat di rumah Bapak Cecep Soeparman. Dalam rapat perdana ini dihasilkan suatu keputusan penting antara lain: Memperjelas Visi dan Misi GBI Filemon dan menetapkan Hari dan jam kebaktian menjadi hari Minggu, pukul 8.00 WIB dimulai pada tanggal 4 September 1994 dan juga dibuka kebaktian sekolah Minggu pukul 10.00 WIB seusai kebaktian umum.

Sepanjang satu tahun awal perkembangannya GBI Filemon diwarnai dengan berbagai kegiatan rohani yang selaras dengan Visi dan Misi GBI Filemon.

Pertengahan tahun 1997 GBI Filemon membuka kebaktian yang ke-2 Pukul 5 sore di GPIB Sion di Jalan Kebon Pala I No. 1 hingga sekarang. Pada awal Januari 1998. Gereja Sion menyerahkan sepenuhnya seluruh peribadatan mulai dari sekolah minggu, kebaktian pemuda/remaja kepada GBI FILEMON untuk dikembangkan lebih lanjut.

Oleh karena situasi yang kacau pada tanggal 13-15 Mei 1998, dimana terjadi kerusuhan, dan huru-hara disertai penjarahan di Jakarta, maka kebaktian di Cipinang elok untuk sementara ditiadakan, dan diputuskan untuk membuka jam kebaktian pukul 6.00 (pagi) di Jalan Kebon Pala I No. 1 sejak bulan Mei 1998.

Oleh karena kehendak Tuhan pada tanggal 25 September 2005, melalui kesepakatan bersama dengan pengurus GPIB Sion Hakka dan GBI Kebon Pala, gedung gereja di Jl. Kebon Pala III No. 1 diserahterimakan kepada GBI Kebon Pala dengan kompensasi yang disepakati bersama, maka sejak tanggal tersebut seluruh pengelolaan gereja menjadi tanggung jawab penuh GBI Filemon, serta kepemilikan berpindah tangan menjadi milik GBI Filemon. Tantangan selanjutnya adalah bagaimana GBI Filemon bisa merenovasi gereja sehingga dapat menampung jiwa lebih banyak lagi.

Pada tanggal 18 Agustus 2005 GBI Kebon Pala mengadakan Kebaktian Kebangunan Rohani besar-besaran yang dihadiri oleh 550 orang dengan Pembicara Pdt. Ronny Daud Simeon dengan menghasilkan 10 petobat baru sehingga pada tanggal 21 Agustus 2005 dibuka Gereja Cabang yang pertama di Graha Atrium. Kebaktian Perdana dilayani oleh Pdt. Ferry Haurisa dengan dihadiri oleh 60 orang.

Sejak saat itu dibuka Ibadah GBI Filemon di Graha Atrium Lt. 16 Jl. Senen Raya No. 135 Jakarta Pusat sebagai Ibadah Raya I Pukul 10.00. Sedangkan ibadah Raya Pukul 17.00 tetap diadakan di gedung lama di Jl. Kebon Pala III No. 1 Jatinegara Jakarta Timur. Kebaktian di Graha Atrium berlangsung hingga akhir tahun 2008 karena ruang pertemuan tidak ada yang kosong, semua dipakai untuk kantor.

Awal tahun 2009 oleh anugerah Tuhan, GBI Filemon menyewa gedung (GSM) Graha Sejahtera Mandiri di Jl. Jatinegara Barat Raya No. 163 di Jakarta Timur. Ibadah di GSM berlansung hingga tgl 31 Juli 2010.

Oleh anugerah Tuhan mulai tgl 1 Agustus 2010, GBI Filemon menggunakan gedung gereja yang baru yang disebut GRAHA FILEMON di Jl. Kebon Pala III No. 1. Disebelah gedung gereja yang lama dengan kapasitas 5 kali lipat dari gedung lama. Gedung Gereja Graha Filemon diresmikan pemakaiannya pada hari Minggu, tgl 14 Agustus 2010 oleh Pdt. Ferry Kakiay Haurissa, STh.

Demikianlah sekilah sejarah Gereja Bethel Indonesia Filemon yang kita cintai. Dengan mengetahui sejarah gereja kita, biarlah kita makin semangat untuk mengembangkan pekerjaan Tuhan di GBI Filemon.